تتخذ الأمانة العامة لمنظمة الإنتوساي مدينة فيينا / النمسا مقرا لها منذ عام ١٩٦٨(تنفيذا لقرار مؤتمر الإنتوساي السادس المنعقد في طوكيو) وذلك في مقر الجهاز النمساوي الأعلى للرقابة المالية العامة والمحاسبة، وتوفر الأمانة العامة الدعم الإداري للإنتوساي كما تقوم بإدارة ميزانية الإنتوساي وتقدم المساعدة للمجلس التنفيذي والمؤتمر و تيسر كذلك الاتصالات بين الأعضاء وتقوم بتنظيم الندوات والدراسات.

يمثل رئيس الجهاز النمساوي الأعلى للرقابة المالية العامة والمحاسبة النمساوي يمثل الأمين العام لمنظمة الإنتوساي.