يتألف المجلس التنفيذي للإنتوساي من 18عضوا، وكقاعدة عامة يجتمع المجلس مرة في كل سنة خلال الفترة التي تفصل بين انعقاد مؤتمرين للمنظمة، ونظرا لأهمية التوزيع المتوازن للمقاعد بالمجلس فإنه يضم أيضا مندوبي مجموعات العمل الإقليمية السبع وممثلي أهم نظم الرقابة المالية.

وتحتل كذلك كل من مبادرة التنمية للإنتوساي والمجلة الدولية للرقابة المالية العامة مقعدا بالمجلس التنفيذي.

رئيس الجهاز الأعلى للرقابة المالية العامة والمحاسبة الذي انعقد ببلده آخر مؤتمر هو الذي يرأس المجلس التنفيذي.