تتمثل مهام مجموعات العمل الإقليمية في تحقيق أهداف الإنتوساي على المستوى الإقليمي, وذلك من خلال تشجيع ومطالبة أعضائها في مجال التعاون العملي والفني على المستوى الإقليمي, 

يحتوي المجلس التنفيذي على 7 مجموعات عمل اقليمية كالتالي:

Multiple memberships in Regional Working Groups
(Status of 'Home Group Declaration" - October 2010)

Adhésion multiple aux groupes de travail régionaux
(Etat de l'évaluation des « groupes de travail d'origine » - octobre 2010)