Die INTOSAI erfüllt ihren Auftrag mit Hilfe zahlreicher Organe, Programme und Veranstaltungen. Die Organe der INTOSAI sind:

• Kongress,

• Präsidium,

• Generalsekretariat und

• Regionale Arbeisgruppen.
  
  

Zur Vorbereitung von Entscheidungen des Präsidiums dient das Finanz- und Verwaltungskomitee.

Der Direktor für Strategische Planung gewährleistet eine wirksame Koordination und Umsetzung des Strategischen Planes.