Das Generalsekretariat der INTOSAI hat seit 1968 (Beschluss des VI. Kongresses der INTOSAI, Tokio) seinen Sitz in Wien, am Rechnungshof der Republik Österreich. Es nimmt zentrale Verwaltungsaufgaben für die INTOSAI wahr und verwaltet den Haushalt der INTOSAI, unterstützt das Präsidium und den Kongress, fördert die Kommunikation unter den Mitgliedern und organisiert Seminare sowie Sonderprojekte.

Der Präsident des Rechnungshofes der Republik Österreich ist Generalsekretär der INTOSAI.