La Secretaría General tiene su sede desde el año 1968 (resolución del VI Congreso de la INTOSAI en Tokio) en Viena en el Tribunal de Cuentas de Austria. La Secretaría General constituye el soporte administrativo central de la INTOSAI, gestiona el presupuesto de ésta, está al servicio del Comité Directivo y de los Congresos, facilita las comunicaciones entre los miembros, y organiza seminarios y proyectos especiales.

El Secretario General es el Presidente del Tribunal de Cuentas de Austria.