L'INTOSAI remplit son mandat grâce à de nombreux organes, programmes et manifestations. Les organes de l'INTOSAI sont :

• le Congrès,
• le Comité directeur,
• le Secrétariat général et
• les Groupes de travail régionaux.

La Commission des affaires financières et administratives prépare les dossiers en vue d'une décision du Comité directeur.

Le directeur de la planification stratégique assure la coordination et la mise en œuvre efficaces du plan stratégique.