Constitué de 18 membres, le Comité directeur se réunit une fois par an pour assurer la direction et la continuité entre les congrès. Afin de garantir la représentation équilibrée de tous les pays membres, chacun des 7 groupes de travail régionaux de l'INTOSAI et les principaux types de systèmes de contrôle des finances publiques sont représentés au Comité directeur.

L'Initiative de développement de l'NTOSAI ainsi que la Revue internationale de la vérification des comptes publics sont également représentées avec un siège au sein du Comité directeur de l'INTOSAI.

Le Comité directeur est présidé par le président de l'ISC qui a organisé le dernier congrès.